Sevilla se ha convertido en este tiempo -en numerosas ocasiones- en sede de la Corte, depositando en el río Guadalquivir y en su puerto la clave de su desarrollo. Precisamente, el río y el puerto de Sevilla impulsan el período de máximo esplendor tras el descubrimiento de América en 1492. En 1502-1503 los Reyes Católicos fundan la Casa de la Contratación (1503 d.C.) en los Reales Alcázares -para regular las relaciones mercantiles y judiciales con América-, donde se dirigen y contratan los viajes para controlar las riquezas venidas del nuevo mundo.
Por su parte, la Fundación del Consulado de Indias data del año 1543 d.C. y en él quedan representados todos los mercaderes no extranjeros. Al no tener un lugar propio, numerosos tratos mercantiles se solían realizar en las gradas de la Catedral, lo cual obliga al Cabildo eclesiástico rodear el templo con cadenas que impidieran que los tratantes entraran en su interior; cadenas que todavía se conservan. La solución se ofrece con la edificación de la Casa Lonja. Posteriormente, Carlos III ordena su adaptación para albergar el Archivo de Indias.
Todo ello supone para Sevilla una nueva y gran expansión urbana, como demuestra que por entonces se continúen las obras de la Catedral o se remodelen las dependencias (por ejemplo, el patio de las Doncellas) de los Reales Alcázares con ocasión de los esponsales entre Carlos I e Isabel de Portugal celebrados en 1526 d.C., así como otras: la Casa de Pilatos, la Casa de las Dueñas, la Colegiata del Salvador y la ya nombrada Casa de Contratación.
Más aún, gracias al mecenazgo de Catalina de Ribera se crea el Hospital de las Cinco Llagas, para reunir en una única ubicación las dependencias sanitarias existentes. También en los primeros años del siglo XVI la preocupación por contar en Sevilla con estudios superiores se plasmó en la fundación del Colegio Santa María de Jesús por Maese Rodrigo Fernández de Santaella. Esta institución fue el germen de la futura Universidad Hispalense.
A pesar de la opulencia vivida durante la centuria anterior, en el siglo XVII Sevilla no es capaz de salvar la grave crisis económica que afecta a Europa, en general, y a España, en particular. Esta decadencia, agravada en nuestra urbe por frecuentes calamidades públicas (i.e. riadas y epidemias de peste), no se corresponde, sin embargo, con el florecimiento que experimentan la cultura y el arte. En esta línea de decadencia, la situación económica de Sevilla se resiente aún más por el traslado de la Casa de la Contratación al puerto de Cádiz por el rey Felipe V.
Sevilla se transforma en una ciudad-convento, creándose un escenario ideal para la consolidación de las procesiones penitenciales de Semana Santa; tras el Sínodo convocado en 1604 por fuerza deben dirigirse a la Santa Iglesia Catedral (origen la actual Carrera Oficial). Sevilla se gana el calificativo de «Tierra de María Santísima»