No obstante, pese a los esfuerzos de los almohades, Fernando III conquista Córdoba, Écija y Estepa; Sevilla queda pues aislada siendo gobernada por un consejo. En 1248 d.C. los musulmanes entregan las llaves de la ciudad de Sevilla y entra triunfalmente en la ciudad el Rey Fernando III. Sevilla se convierte en sede de la Corte. Las armas y el sello de Sevilla representan al rey San Fernando presidiendo un tribunal, con una espada desnuda levantada en la mano derecha y en la izquierda un globo del mundo, entre San Leandro y San Isidoro.
La reconquista de Sevilla no supuso que los artesanos y comerciantes salieran de la ciudad; por el contrario, la actividad continuó. El puerto de Sevilla era un importante punto intermedio entre Italia y otros países bálticos y los puertos más importantes del norte de África.
Si bien los musulmanes son obligados a abandonar la ciudad, éstos regresan al poco tiempo al conocer que Alfonso X, hijo y sucesor de Fernando III, muestra mayor tolerancia; también permitió el asentamiento de los judíos. Escritor, intelectual y protector de las artes y las ciencias, impulsó un gran florecimiento aunando las tres grandes culturas, árabe, judía y cristiana. Alfonso X el Sabio siente verdadera debilidad por Sevilla, viéndose correspondido con creces por sus habitantes. En recuerdo de esa cogida Alfonso X lega el famoso NO&DO (no madeja do ... no me ha dejado).
En el año 1401, el cabildo de la Catedral de Sevilla adopta un acuerdo que marca la historia religiosa de la ciudad: la construcción de la Catedral, que se convirtió en el templo gótico más grande del mundo y el tercero en extensión de toda la Cristiandad. En el siglo XV se culmina la conquista cristiana y Sevilla se convierte en sede de la Santa Inquisición.