Igualmente se puede conocer la Protohistoria, donde destaca el famoso Tesoro del Carambolo, de época tartésica, así como los tesoros de Ébora y Mairena y las joyas de este período, compuesta por el conjunto de colonizadores del Mediterráneo durante los siglos VII y VI a. C.

Otra forma de visita es el recorrido por la orfebrería, empezando por la indígena de la Prehistoria (oro de la Edad del Cobre datado en 2500 a. C., joyas batidas o macizas de la Edad del Bronce datadas entre 2000 y 1000 a. C.) hasta la época romana, pasando por las tartésicas (anteriormente indicadas) y las turdetanas. Estas alhajas van acompañadas de otros materiales que facilitan la comprensión arqueológica. Destaca especialmente una pequeña representación de la diosa fenicia Astarté, está en posición sentada y realizada en bronce, bajo ella se puede leer la inscripción más antigua (siglo VII a. C.) de la Península. El mundo romano también posee su temática particular, pudiéndose observar las grandes esculturas de tamaño colosales y casi humanas de dioses y emperadores, y los distintos mosaicos, retratos imperiales, epigrafía, comercio, cerámica, funerario, etc. Aquí lo que más destaca es el mosaico donde se representa el Juicio de Paris y la sala dedicada a Epigrafía Jurídica en bronce, compuesta por la más rica colección de textos jurídicos conocida y variada.