Construido por iniciativa del cabildo catedral, en petición al Rey Felipe II, se realizó entre los años 1583 a 1646, inicialmente como Casa de la Lonja (s. XVI). En las obras, proyecto de Juan de Herrera, participaron los arquitectos Juan de Minjares y Alonso de Vandelvira.

En 1660 el edificio albergó la Academia de bellas Artes de Sevilla, siendo su primer presidente el Pintor Murillo, conjuntamente con Herrera el Mozo. Posteriormente fue presidida por el ilustre pintor Juan Valdés Leal.

Ya en el siglo XVIII, Carlos III quiso reunir todos los documentos relacionados con el Nuevo Mundo, pasando el edificio a ser el actual Archivo de Indias, uno de los principales archivos del mundo que incluye el diario de Colón como una de sus principales riquezas históricas.

Las obras de ampliación y rehabilitación a las que se ve sujeto el emblemático edificio del Archivo de Indias, se prevee estén finalizadas para diciembre de 2004, siendo el coste de la intervención de aproximadamente 9 millones de euros. Las reformas consisten principalmente en dotar al edificio de la tecnología que necesita un archivo moderno y hacerlo más accesible para el público en general. La construcción del edificio comenzó en el último tercio del siglo XVI para uso de los mercaderes como lonja para realizar las transacciones comerciales.

En 1785, el recinto pasa a ser sede del Archivo General de Indias con lo que el edificio inaugura una serie de reformas para acumular legajos y documentos.