1300/1450. Múltiples referencias en textos sobre la fabricación de barcos y pertrechos en las Atarazanas.

1450. Abandono progresivo de la actividad como atarazana. Acumulación de limos de inundación en el interior del establecimiento y surgimiento de basureros (muladares) en el exterior del inmueble.

1493. Licencia de los Reyes Católicos al Concejo de Sevilla para trasladar a la nave 1 del edificio las pescaderías que se encontraban en la plaza de San Francisco. Para su realización se recrece la cota interior del edificio para hacerlo compatible con las cotas de la ciudad y olejarlas de las crecidas del río. Durante su realización se demuele parcialmente la barbacana y la puerta almohade integrada en el conjunto.

1502. Los Reyes Católicos mandan vender las galeras y aparejos presentes en el recinto por su falta de uso. A partir de este momento la construcción de barcos se lleva a cabo en otras atarazanas del reino.

1503. Constitución de la Casa de Contratación de Sevilla, encaminada a regular con carácter monopolístico el tráfico mercantil con América y África occidental.

1550. Primera mención sobre la existencia de almacenes de Artillería en el edificio de los que se han encontrado restos.

1500/1700. Fragmentación histórica de las primitivas Atarazanas. Segregación de las cinco naves meridionales para Aduana y Casa del Azogue (mercurio de Almadén) para su uso en el beneficio de lo plata en los minas americanas (actual Delegación de Hacienda) edificación del Hospital de la Caridad sobre las cinco centrales; y compartimentación de las siete septentrionales en locales de alquiler vinculados a las actividades portuarias (pescaderías, almacenes y bodegas). Simultáneamente se desarrollan las obras de acondicionamiento interior: elevación del nivel de uso de las naves y recrecido de los paramentos.

1718. Sevilla pierde el monopolio comercial con América, acelerándose el proceso de expansión de la Maestranza de Artilleria.