El Archivo constituye pues fundamentalmente un centro de investigación sobre la Historia de América.

Los fondos del archivo recogen escritos referentes a España y sus posesiones de ultramar entre los siglos XV-XIX.

En el interior de este sobrio edificio renacentista destaca una magnífica escalera de mármol del s. XVIII. Es un edificio de planta cuadrada que presenta dos pisos y un amplio patio central, que por su monumentalidad y decoración se relaciona con el de los Evangelistas del Escorial.

En el piso superior, con grandes salas y magníficos techos abovedados, se conservan innumerables documentos relativos al descubrimiento y a la colonización de América. Pueden verse autógrafos de Cristóbal Colón, Magallanes, Cortés.., la solicitud de un puesto en Indias de Miguel de Cervantes, el original de la Bula de demarcación de Alejandro VI, el diario de Colón, planos de las principales ciudades americanas, etc